学院坚持教学、科研及医疗的协调发展，加强三者间的相互沟通，促进学科间交叉融合，通过科学研究和教学的相互助力，实现教学科研相互促进及科研成果向教学的转化。医学院“十三五”规划中提出了“精准医学”和“精准药学”为主题的发展目标和规划。学院以昆明理工大学强大的工科平台为依托，切实加强医工结合，促进生物学、医药学、材料学等多学科的交叉融合。充分利用各临床教学基地的优势资源，以创新驱动发展战略为指引，推进昆明理工大学与医院的全面合作。

学院有国家卫生健康委重点实验室1个，省级重点实验室、工程研究中心、院士专家工作站、研究所等65个，省级创新团队7个，省高校科技创新团队1个，校级创新团队5个，校级协同创新团队1个，校级学科方向团队3个。学院建有大型仪器公共服务共享平台，并持续推进科技创新平台和基地建设和规范管理，学院积极开展培育大的科学研究团队，凝练研究方向，促进学科发展，促进基础医学和临床医学的结合与转化研究。学院积极培育高层次人才，以创新团队为依托，促进学科的发展，鼓励多学科的交叉渗透。经过9年的发展，学院逐渐形成了自身的优势和特色，在出生缺陷与遗传病、肿瘤转化医学、神经退行性疾病、病毒感染与免疫、分子药理学等研究领域取得一定突破。

自2012年至2019年，医学院共承担各类项目1021项，经费总额18495万元。从2012年的79项1380万元增加到2019年的80项2249万元。共获资助国家自然科学基金项目151项，经费总额5971万元；省部级项目850项，经费总额12274万元；横向项目20项，经费总额250万元。出版医学相关专著40部。直属医院的国家自然科学基金项目数从建立医学院前年均一两项增加到医学院建立后的年均12项。

医学院发表SCI论文从2012年的46篇增加到2019年的96篇，期间合计共发表601篇。其中JCR分区的一区和二区文章从2012年的6篇增加到2019年的22篇，期间合计共112篇。获得省科技进步一等奖5项，二等奖8项，三等奖50项，其余厅级奖项90项。医学院获得专利授权39项，其中发明专利26项。附属医院专利授权118项。基础学院白洁教授（云岭学者）长期从事成瘾相关方面的研究，累计发表SCI论文60余篇，主持过国家自然科学基金重点项目。黄芬教授在灵长类动物首次建立了戊肝慢性化感染动物模型，荣获云南省"兴滇英才支持计划"入选者。朱宝生教授长期从事产前出生缺陷的筛查，担任国家卫健委全国产前诊断专家组成员，中国优生协会副会长，云南省出生缺陷与罕见病临床医学研究中心副主任以及国家卫健委重点实验室（西部孕前优生重点实验室）副主任。并且直属附属医院突破性的在《Nature》和《The New England Journal of Medicine》等国际顶尖期刊发表学术论文。

医学院获得昆明理工大学系统创新团队1个，协同创新重点实验室1个，创新团队4个，创新团队重点实验室3个，学科方向团队5个。

直属附属医院被批准为国内第4家开展辅助生殖技术、国内第2家开展基因芯片诊断技术的医院。多次率先在省内、乃至国内开展新业务、新技术，如成功实施世界首例小儿“脾窝异位减体积辅助肝移植”，国内首例胆囊穿刺引流治疗毒菌中毒、国内首例体外膜氧合技术支持的房间隔缺损修补并同种异体肺移植等手术。有5个云南省临床医学中心，1个云南省出生缺陷与罕见病临床医学研究中心，1个国家卫健委重点实验室（西部孕前优生重点实验室），3个省、市级重点实验室，21个院士、专家工作站，5个省、市级工程技术研究中心，1个博士后科研工作站，6个省级创新团队，3个省级内设研究所，22个省级研究中心。血液科、老年医学科、护理学被评为国家重点学科。

医学院利用昆明理工大学的工科优势，医工结合，聚焦脑机接口技术、骨科新材料和骨科辅助治疗和康复工程技术研发、疾病诊断、治疗、研究和临床管理等软件系统的开发，促进科研到应用的转化。院校合作申请并建立应用型省级研究中心、重点实验室和研究型学院级实验室各1个，联合开发3D虚拟手术系统、特定疾病信息采集和分析系统共4套，并推广应用到全省多家医院。针对新的医学材料和辅助治疗器材的研发合作申请国家基金、云南应用基础重点项目和云南省重大专项合计8项。